佛教传入蒙古最迟在元宪宗蒙哥之世（1251～1259 在位），成为普遍信仰则始于忽必烈时代，在此以前，蒙人仍多信仰萨满教，且有基督教活动之迹象。元世祖忽必烈于至元二十二年（1285）命八思巴等参对勘定汉、藏两种藏经，撰成“至元法宝勘同总录”。元成宗信佛极笃，故有必兰纳识里代帝出家，且奉敕翻译梵经为蒙文。元武宗至大三年（1310），西藏高僧法光入蒙，增订蒙古新字，又有中国、回鹘学者译西藏藏经为蒙文。嗣后历仁宗、英宗、晋宗、明宗、文宗、顺帝，历代皆崇信西藏佛教。明太祖兴起（1368），元顺帝北退后，蒙古佛教一时衰落，经百数十年，始有西藏黄教传入蒙古，蒙古佛教遂再复兴。

明代万历五年（1577），内蒙古俺答汗遣使入西藏，迎请第三世达赖喇嘛巡锡蒙古，并于绥远归化城，为达赖建寺，此即黄教盛行内蒙之始。而外蒙古开始有黄教，则为阿巴岱汗之功。阿氏尝延请三世达赖之大弟子大慈迈达里呼图克图于喀尔喀图拉河边一寺宣扬佛法，颇受蒙人之崇仰。而第一世哲布尊丹巴呼图克图（藏 Rje-btsundam-pa, 1635～1723）之出现，益使外蒙佛教光大。清代乾隆二十二年（1757），第二世哲布尊丹巴（1724～1757）于库伦创办札尼特高等宗教学院，僧侣云集，库伦遂成外蒙政教中心、蒙古喇嘛教育圣地。此后，清代诸帝对历世哲布尊丹巴均厚加礼遇，光绪四年（1878）情况骤变，库伦满洲大臣志刚，强要八世哲布尊丹巴（1870～1924）对办事大臣起立相迎，此后，清蒙关系恶化，清朝大肆破坏蒙古佛教势力，迨清朝覆亡，外蒙遂宣布独立（1912）。哲布尊丹巴呼图克图则于库伦自称皇帝，成立大蒙古国。

与哲布尊丹巴同时之内蒙宗教领袖为章嘉呼图克图（藏 Lcav-skya），即为应内蒙各部之请而自藏入蒙之五世达赖弟子章嘉呼图克图。章嘉历世内附清朝、民国政府，常驻锡多伦、北京、五台山三地。雍正帝更尝自言其于禅之造诣即得力于章嘉。民国四十六年示寂于台北之十九世章嘉，曾任蒙藏委员会委员、蒙旗宣化使、国民政府委员、总统府资政等要职。

蒙古佛教最盛时期，喇嘛约占住民人口三分之一（二十世纪初），其重镇则系距乌兰贝多（Ulan Bator）二百五十哩处，建于一五八四年之厄丹尼珠寺（Erdenī Dzu）。由于蒙古佛教传自西藏，故其宗教仪式、寺院组织、活佛转世等，多同于西藏。［世界佛教通史上册（圣严）］ p5907